میکروفیلتراسیون معمولا به عنوان یک پیش تصفیه برای سایر فرآیندهای جداسازی مانند اولترافیلتراسیون، و پس تصفیه برای تصفیه فضای دانه‌ای کاربرد دارد. اندازه معمولی ذرات برای محدوده میکروفیلتراسیون از حدود 1/0 تا 10 میکرومتر است. از نظر وزن مولکولی تقریبی، معمولا این غشاء می‌تواند مولکول‌های کمتر از 100.000 گرم / مول را جداسازی کند. فیلترهای مورد استفاده در فرآیند میکروفیلتراسیون برای جلوگیری از عبور ذرات مانند رسوب‌ها، جلبک‌ها، یا باکتری‌های بزرگ از فیلترهایی ویژه‌ای طراحی شده است. اغلب مواد میکروسکوپی، اتمی و یا یونی مانند آب(H2O)، گونه‌های تک ظرفیتی مانند یون سدیم و یا یون کلرید،  مواد آلی طبیعی یا محلول در آب، کلوئیدهای کوچک و ویروس‌ها همچنان قادر خواهند بود از فیلتر عبور کنند. با توجه به تراکم بالای الیاف، ذرات در سطح خارجی باقی مانده و آب با سطح ذرات کمتر از 5 میکرون وارد سیستم پیش تصفیه آب می‌گردد.

شاید برجسته‌ترین کاربرد فیلتر میکرونی مربوط به تصفیه منابع آب قابل شرب باشد. غشاها یک گام کلیدی در ضدعفونی اولیه جریان ورودی هستند. چنین جریانی ممکن است شامل عوامل بیماریزا از جمله انگل تک‌یاخته تک یاخته و ژیاردیا لامبلیا باشد که منجر به شیوع بیماری‌های متعدد شوند. هر دو گونه نسبت به مواد ضدعفونی‌ کننده سنتی (به عنوان مثال کلر و ...)  مقاومت نشان می‌دهند. استفاده از فیلتر میکرونی یک جداسازی فیزیکی(یک مانع) به عنوان یک جایگزین مواد شیمیایی ارایه می‌کند. بدین ترتیب فرآیند فیلتراسیون و ضد عفونی در یک مرحله انجام می‌گیرد، لذا هزینه اضافی مربوط به مواد شیمیایی و تجهیزات مربوطه (مورد نیاز برای حمل و ذخیره سازی) از مجموعه هزینه‌ها حذف می‌گردد.

فیلتر میکرونی الیافی (فیلتر کارتریجی) از جنس پلی پروپیلن  به عنوان یکی از پر کاربردترین تجهیزات تصفیه آب در صنعت آب شیرین‌کن و اسمز معکوس در سایزهای 2، 5، 10 و 20 میکرون و نیز در ابعاد 10، 20، 30 و 40 اینچ  و قطرهای 5/2 و 5/4  اینچ اصطلاحا جامبوی لاغر(اسلیم) و جامبوی چاق مورد استفاده قرار می‌گیرد.
MF  

microfilter

تنظیمات کلی برای سیستم میکروفیلتراسیون